AutoGrid - Um sistema para análise quantitativa de imagens histológicas de forma semi-automática
Programa de computador
Registro concedido
BR 51 2022 001044-5
10/05/2022
17/05/2022
Não
Yandre Maldonado e Gomes da Costa; Celso Vítor Alves Queiroz Calomeno; Sergio Alvarez da Silva Junior; Mateus Filipe Tavares Carvalho; Julio Cesar Polonio; Franklin Cesar Flores
O AutoGrid é um software se visa facilitar a aplicação da técnica morfométrica de Weibel, que utiliza uma grade de pontos para realização de quantificação indireta de alguns tipos de órgãos/tecidos biológicos. O programa de computador aqui apresentado possibilita a aplicação da técnica de forma semi-automática.
TRL/MRL 8: A tecnologia foi testada e qualificada para ambiente real, estando pronta para ser implementada em um sistema ou tecnologia já existente.
Não
O programa se propõe em resolver o problema de contagem manual de pontos utilizando a Grade de Weibel, em busca de melhorar a produtividade e eficiência em rotinas de laboratórios de pesquisa, e também melhorar a precisão de dados coletados na aplicação deste protocolo para a quantificação e avaliação dos tecidos biológicos a serem analisados.
O programa de computador aqui apresentado possibilita a aplicação da análise morfométrica de Weibel de forma semi-automática. Desse modo, o usuário necessita apenas fazer a seleção dos parâmetros a serem analisados, e indicar alguns marcadores de regiões na imagem que servem como referência para que os algoritmos realizem de forma automática a identificação completa de regiões por toda a imagem do tecido biológico em análise. Assim, o processo como um todo ganha bastante agilidade.
O sistema foi desenvolvido e testado utilizando-se um conjunto de imagens de porções glandulares da próstata, levando-se em consideração as regiões de lúmen, epitélio e estroma. O processo de semi-automatização é feito em duas etapas principais, a segmentação do epitélio e a segmentação do lúmen. Na primeira etapa, o epitélio é segmentado utilizando a "binarização" do canal azul ou vermelho da imagem, com valores escolhidos pelo usuário. Na segunda etapa, o usuário deve marcar pontos na imagem indicando a região do lúmen, a segmentação desta região é então realizada por meio de um algoritmo de inundação (flood fill). As regiões que não sofreram nenhuma segmentação nas etapas 1 e 2 são consideradas como estroma. A partir da segmentação, é realizada a aplicação da grade e contagem dos pontos de forma automática pelo software.
O sistema foi desenvolvido e testado utilizando-se um conjunto de imagens de porções glandulares da próstata, levando-se em consideração as regiões de lúmen, epitélio e estroma. O processo de semi-automatização é feito em duas etapas principais, a segmentação do epitélio e a segmentação do lúmen. Na primeira etapa, o epitélio é segmentado utilizando a "binarização" do canal azul ou vermelho da imagem, com valores escolhidos pelo usuário. Na segunda etapa, o usuário deve marcar pontos na imagem indicando a região do lúmen, a segmentação desta região é então realizada por meio de um algoritmo de inundação (flood fill). As regiões que não sofreram nenhuma segmentação nas etapas 1 e 2 são consideradas como estroma. A partir da segmentação, é realizada a aplicação da grade e contagem dos pontos de forma automática pelo software.
