O Museu da Bacia do Paraná (MBP) surgiu com o propósito de incentivar e coordenar o desenvolvimento de pesquisas na região da bacia hidrográfica do Rio Paraná e servir como centro de aglutinação dos fatos relativos à memória de Maringá e região. O acervo inicial foi formado por uma coleção entomológica, que foi incrementada com doações da população e de outros órgãos. A Companhia Melhoramentos Norte do Paraná (CMNP), responsável pela colonização da cidade de Maringá, contribuiu para a formação de seu acervo histórico, composto de painéis fotográficos, documentos, equipamentos de escritório, álbuns fotográficos, aparelhos topográficos, fragmentos de troncos vegetais, entre outros. A CMNP também doou a primeira casa de madeira construída em Maringá, que foi desmontada, removida e remontada no Câmpus Sede, exatamente como era, e hoje é a sede do MBP.
Ao longo de sua trajetória, o MBP vem apoiando o ensino formal por meio de exposições e mostras temáticas e artísticas. Desenvolveu diversos projetos enfocando a história de vários povos, a imigração, o golpe militar, e aspectos da vida cotidiana, como o consumo musical, a indumentária e os equipamentos eletrônicos portáteis ou domésticos, entre outros.
Atualmente, considerando que o papel dos museus ultrapassa a função de buscar, conservar, estudar e expor objetos de interesse duradouro ou de valor artístico e histórico, o MBP procura se adaptar ao crescimento e a complexidade das atividades de ensino, extensão e pesquisa da própria UEM, visando aprofundar a integração entre a instituição e a comunidade por meio de ações científicas, culturais e educativas.