O Núcleo de Pesquisas em Limnologia, Ictiologia e Aquicultura (Nupélia) da UEM é o segundo maior núcleo de pesquisas em ambientes aquáticos da América Latina, sendo o primeiro em águas continentais. Desenvolve, desde 1983, vários projetos de pesquisa em convênio com empresas do setor elétrico em reservatórios de vários Estados do Brasil e ambientes naturais, como a planície de inundação do Alto Rio Paraná, na região de Porto Rico (PR), cidade onde está a Base Avançada de Pesquisa do Nupélia.
O Nupélia tem convênios com aproximadamente 20 países e promove intercâmbio científico com várias instituições e órgãos nacionais e internacionais. Assim, congrega pesquisadores de diferentes áreas das ciências de ambientes aquáticos continentais.
Conta com vários laboratórios de diversas especialidades, estação experimental de aquicultura e uma biblioteca setorial. Um grande acervo biológico, composto por peixes e ictioplâncton de água doce, assim como um herbário representado por plantas da vegetação ripária, também representa uma relevante contribuição do Nupélia.
O Programa de Pós-Graduação em Ecologia de Ambientes Aquáticos Continentais (PEA) da UEM, com estrutura física, apoio logístico e pesquisadores do Nupélia, é muito bem conceituado junto à Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (Capes) e recebe alunos de vários Estados brasileiros e de outros países. Os resultados destas pesquisas têm sido revertidos em vasta e relevante produção científica.